R による Fisher exact test とカイ2乗検定

fisher.test() コマンドで Fisher exact test を行う。また、chisq.test() コマンドでカイ2乗検定を行う。

通常は Excel 等で作成した CSV ファイルを R に読み込んで分析する。しかし、ここでは便宜的に以下の簡単なデータフレームを作成し、data という変数に格納しておく。

data = data.frame(術者 = c("太郎","太郎","花子","花子"), 手術方法 = c("内視鏡","開腹","内視鏡","開腹"), 回数 = c(60,5,20,40))

data の内容を確認する。

data

tapply() コマンドで、data を2×2クロス集計表にし、table という変数に格納する（別記事）。

table = tapply(data$回数, list(data$術者, data$手術方法), sum)

table の内容を確認する。

table

fisher.test() コマンド、chisq.test() コマンドで術者によって手術方法（内視鏡か開腹か）に偏りがあるかどうかを検定する。

fisher.test(table) #Fisher exact test
chisq.test(table) #カイ2乗検定（イエーツ補正あり）