R による独立2群の比較

t.test() コマンドを使い、独立2群を比較する。

通常は Excel 等で作成した CSV ファイルを R に読み込んで分析する。しかし、ここでは便宜的に以下の簡単なデータフレームを作成し、data という変数に格納しておく。

data = data.frame(手術方法 = c("内視鏡","開腹","開腹","内視鏡","内視鏡","内視鏡","開腹","開腹"), 手術時間 = c(60,50,100,90,30,40,80,90), 出血量 = c(15,100,90,20,18,20,120,90))

data の内容を確認する。

data

手術方法（内視鏡か開腹か）によって data を2群にグループ分けする。

A = data[data$手術方法 == "内視鏡",]
B = data[data$手術方法 == "開腹",]

A 群、B 群の手術時間と出血量を Student t test で比較する。P 値だけでなくA 群、B 群それぞれの平均や、その差の信頼区間等も計算されて表示される。

t.test(A$手術時間, B$手術時間, var.equal = T) #手術時間
t.test(A$出血量, B$出血量, var.equal = T) #出血量

古典的な Student t test 以外は、以下のようにする。

t.test(A$手術時間, B$手術時間) # Welch t test
wilcox.test(A$手術時間, B$手術時間) # Wilcoxon rank sum test